Początkowo, za rządów Iwana III, jego syna Wasyla III oraz regentki Heleny dawna Republika Nowogrodzka, choć utraciła niepodległość, zachowała pewną odrębność. Całkowicie ją utraciła w wyniku działań Iwana IV Groźnego. Okrutny car dokonał potwornej rzezi.
W 1569 roku do cara Iwana Groźnego dotarły wieści o bojarskich spiskach w północnej części Rosji. Prym w antycarskich knowaniach miała wieść elita Nowogrodu Wielkiego. Według doniesień rada miejska prowadziła rozmowy z królem Polski i Litwą. Doniesienia były najpewniej kłamstwem, jednak car prowokatorom uwierzył. Na przełomie 1569 i 1570 roku poprowadził ekspedycję karną na Nowogród. Prym podczas akcji wiodła tzw. oprycznina – zbrodnicza formacja zbrojna, działająca z polecenia i pod kierunkiem cara. Iwan z oprycznikami zniszczyli miasto, ale też wszystkie miejscowości znajdujące się na drodze z Moskwy do Nowogrodu. Dokonali masakry ludności. Mordowani byli mieszkańcy bez wyjątku i bez litości – kobiety, starcy, dzieci. Zginęło wg różnych szacunków nawet do 700 tysięcy ludzi.
