Znajduje się na prawym brzegu Bugu, na terenie wschodniego Mazowsza. Jest stolicą gminy i ważnym węzłem kolejowym. Małkinia Górna jest jednym z trzech nowych mazowieckich miast.
Historia miejscowości sięga XVIII wieku, gdy biskupi płoccy sprowadzili tu Kurpiów. W okresie II wojny światowej stacja Małkinia Górna była bardzo ważnym punktem strategicznym z uwagi na stację kolejową. Po zajęciu Polski przez Niemców i Sowietów, Małkinia stała się stacją graniczną. Była ostatnią miejscowością po stronie niemieckiej. Jesienią 1939 roku była miejscem swoistej wędrówki ludów. Ludność pochodzenia żydowskiego uciekała na stronę sowiecką. Ludność Kresów na niemiecką. W 1941 roku, po ataku III Rzeczy na ZSRR Małkinia miejscowością graniczną być przestała. Natomiast nieopodal linii kolejowej Siedlce – Sokołów Podlaski – Małkinia znajdował się teren obozu zagłady w Treblince. Po wojnie w okresie PRL Małkinia Górna była siedzibą gminy. Chyba najbardziej znaną osobą urodzoną w tej miejscowości jest aktor, scenarzysta i reżyser Stanisław Tym (1937 – 2024). Decyzją Ministerstwa Spraw Wewnętrznych i Administracji Małkinia Górna znalazła się wśród miejscowości, które 1 stycznia 2026 roku uzyskały prawa miejskie. Z województwa mazowieckiego miastami zostały też Stanisławów i Staroźreby.
